基因组学助力疫苗制造商应对变形细菌

一项开创性的基因组监测研究提供了迄今为止最清晰的肺炎链球菌(负责肺炎和脑膜炎等一系列疾病的细菌)与旨在预防最主要类型的疫苗之间的军备竞赛。

一种名为GPSC10的菌株被发现是一种特殊的威胁，因为它的毒力增加，能够改变其结构以逃避疫苗以及对几种常见抗生素的耐药性。

该研究发表在《柳叶刀微生物》上，由法国国家肺炎球菌参考中心Wellcome Sanger研究所和西班牙Sant Joan de Deu医院领导，作为全球肺炎球菌测序(GPS)项目的一部分。研究结果证明了基因组监测的价值，可以为疫苗设计提供信息，并强调GPSC10等“变形”菌株带来的挑战。

肺炎链球菌，也称为肺炎球菌，是一种细菌病原体，可引起从耳部感染到肺炎、败血症和脑膜炎的各种疾病。它每年造成约300万全球感染，老年人和儿童尤其易感。每年有超过000万名儿童死于肺炎球菌感染，主要发生在低收入和中等收入国家1.

自2000年以来，已经部署了一系列肺炎球菌结合疫苗(PCV)，这些疫苗针对导致婴儿大多数疾病病例的肺炎链球菌血清型2，从而减少全球疾病。目前，PCV-13针对13种血清型，针对多达25种血清型的PCV正在开发中。然而，有100多种不同的血清型，它们可以以不同的方式影响儿童和成人。在设计有效的全球疫苗接种策略时，了解PCV针对哪些血清型，以及可能对疾病和更广泛的肺炎球菌人群产生什么影响至关重要。

通过自2011年以来GPS项目的工作，已经建立了传播中的肺炎链球菌血清型图片，可以识别细菌种群的趋势。根据法国国家肺炎球菌参考中心和许多其他国家(如加拿大、丹麦、德国、以色列、意大利、日本、黎巴嫩、挪威、西班牙和英国)的记录，一种血清型 24F 一直在上升。

在这项新研究中，威康桑格研究所的科学家对419份肺炎链球菌血清型24F样本进行了全基因组测序，这些样本由国家肺炎球菌参考中心(NRCP)和马恩河谷临床与婴儿协会(ACTIV)在2003年至2018年期间从法国的个体收集，以及圣胡安德杜医院从西班牙个体收集的91个肺炎球菌血清型24F分离株。为了提供全球比较，从全球肺炎球菌测序(GPS)项目数据库中添加了其他肺炎链球菌基因组的国际集合。